Hola,
No necesariamente los datos proporcionados por el programa son imprecisos: podría muy bien ser que la altura de referencia es diferente, como así creo: leyendo la descripción del programa que citas aquí:

http://www.queandroid.com/index.htm

dice que da la altura de la marea en metros con respecto al nivel medio. Por el contrario, el Anuario de Mareas del Instituto Hidrográfico da la altura de la marea en metros con respecto a la sonda de las cartas oficiales que es la bajamar escorada (el nivel más bajo que se ha registrado). Así que no puedes comparar directamente ambos números. No sé si has tenido en cuenta este detalle a la hora de comparar ambas predicciones.

Saludos,
Tropelio