A mi me pasaba navegando y al ponerlo casi al máximo de revoluciones salía agua "sucia" tipo tinta de calamar por el escape más que humo negro.
Creo que no es tu caso.
Le eché la culpa a las toneladas de mejillón que llevaba en el casco y al trabajar a tanta carga pues el motor "no daba hecho" (sic).
Ahora llevo el casco limpio y ya no me pasa.
Mira estos enlaces, quizá te resuelvan alguna duda:
Tinta de calamar...
Yanmar humo negro
Humareda motor diesel
Y seguro que hay más en el buscador...
