Hola,
Pues posiblemente la mejor librería náutica de Madrid sea la Librería Robinson que está en la calle Bárbara de Braganza, 10, muy cerca de Colón. Dados tus planes, te conviene especialmente porque está a poca distancia (se puede ir andando perfectamente) del Museo Naval, de manara que puedes visitar los dos.
Saludos,
Tropelio

PD. Veo que mientras escribía ya te habían respondido. Sorry por la repetición.