Facil.
Vas a synaptic, buscas opencpn y marcas "desinstalar incluido archivos de configuracion".
Despues lo vuelves a instalar (la ultima version) y ya esta.
Es importante eliminar la version anterior antes de instalar la nueva.
A veces con solo borrar la carpeta oculta .opencpn que se crea en tu carpeta de usuario es suficiente. pierdes las configuraciones pero el programa se inicia de nuevo, lo vuelves a configurar y listo.
suerte