Interesante tema. Vamos por partes, como dijo Jack el Destripador.
Compas magnetico. Los compases magenticos se pueden "calibrar" usando pequeños imanes que anulan las desviaciones introducidas por los materiales de la embarcacion. Se usan habitualmente en buques. Pero su calibracion no es amateur. De hecho, no conozco a nadie que lo haya hecho en un velero (los campos en un velero de fibra no son tan grandes como para que merezca la pena). Todo lo mas un profesional te lo dejara bien "apañado" (mecanismo, liquido, damping, etc). Aqui dejo un enlace
interesante
Compas en multicasco. No dices cual es la diferencia de rumbo entre los compases, pero se me ocurren, a bote pronto, unas cuantas razones:
alineamiento de los cascos (no es infrecuente que los cascos no esten paralelos),
alineamiento de los compases (esto es mucho mas habitual, has de ver si los soportes estan bien paralelos. Una pletina larga con un util para abrazar cada compas y un laser te serviran para alinearlos),
materiales ferromagneticos (motor, estructuras, ejes, etc. Esto no lo puedes evitar, pero si puedes calcularlo, viendo como varian los compases cuando varias el rumbo)
Compas fluxgate. El piloto utiliza uno de estos, y todos suelen llevar un procedimiento de calibracion, que suele consistir en hacer que el barco de una o dos vueltas en redondo manteniendo una velocidad media y mas o menos estable. De entre uno y dos minutos por vuelta. Es conveniente hacerlo siempre al instalar el piloto, y de vez en cuando, cuando instalemos cosas metalicas o electronicas cerca.
Compas GPS. Tienen la gran ventaja de que nos dan el rumbo verdadero. Pero tienen el inconveniente de que SOLO funcionan bien con una velocidad minima y en estado estacionario, esto es, manteniendo rumbo y velocidad constantes. Son muy practicos para calibrar los desvios (ya sea compas magnetico o fluxgate), pero hay que tener en cuenta el procedimiento: mantenemos un rumbo/valocidad, y cuando pasen 15-20 segundos anotamos rumbo GPS y rumbo de compas. Adjunto una captura de pantalla con un proceso de calibracion de mi barco