No hay que pedir ningun permiso para remontar la zona que depende de la marina mercante, ahora bien en aguas fluviales donde no se depende de ellos la cosa cambia.
En Deltebre alquilan embarcaciones, pequeñas sin titulacion y algo mayores con titulacion, con las que se puede llegar al mar o bien remontar, piden un PB o PER como minimo.
En Deltebre tal y como te decia, hay puerto fluvial (Club Nautico Riumar), tanto para embarcciones de recreo o de pesca profesional que salen al mar. El tema del combustible lo llevan bastante mal, la gasolinera la abren cuando quieren y nunca tienen cambio, hay que dar el importe exacto.
http://www.cnriumar.com/
Desde Amposta baja un barco turistico que debe hacer unos 20 metros de eslora hasta prácticamente tocar a mar, dado que el trayecto es largo se contrata con comida en el restaurant incluido, por lo tanto supongo que no tendrias problemas en remontar hasta Amposta, pero mas arriba no me arriesgaria, hay muchos bancos de arena y bajos, aunque los pasos estan balizados creo que solo se puede hacer con embarcaciones de muy poco calado y dependiendo de la epoca.
http://www.restaurantembarcador.com/barco-santa-susana
En Ribarroja, alquilan barcos de entre 8 y 12 metros como los del canal del Midi para remontar el rio, se puede llegar hasta Mequinenza, 84KM de rio navegable
http://www.danfluvial.com/region/espagnees.pdf
Yo mismo hace unos años remonte el rio hasta Deltebre desde Cambrils, en ese momento con una Rio 650, al entrar por la boca del rio subimos al maximo el trim de la cola Z por miedo a tocar fondo, era en verano cuando baja menos agua.
Saludos