No se si te he entendido bien pero puede que se deba a que la hélice no esté metida en el agua a una profundidad suficiente. Si la hélice queda demasiado cerca de la superficie no trabaja bien, ya que puede "coger" aire e incluso salirse del agua completamente cuando el barco cabecea con las olas, lo cual no es para nada recomendable.
Si el problema es ese la solución está bastante clara: o cambiar el motor por uno que tenga una cola más larga (siempre que ésta sea suficiente) o lo más lógico: cambiar el soporte del fueraborda por uno que te permita bajar más el motor.
De todas formas te recomendaría solucionarlo lo antes posible ya que tu motor y tu hélice te lo agradecerán!

