A ver Capicua, hay cosas de tu post que no entiendo...

El tema de las particiones a bajo nivel para que la BIOS las distinga no lo habia oido nunca.
Que yo sepa la BIOS solo conoce discos "fisicos". Es después que con el sistema operativo se particionan en diferentes unidades. Como mucho la BIOS suele gestionar el modo RAID en el que dos discos idénticos funcionan a modo de "espejo" conteniendo la misma informacion con objeto de aumentar la integridad de los datos y la velocidad de acceso. Pero esto se escapa de nuestro tema.
El cofrade Sailoog te avisa de que copies tus datos porque aunque Navigatrix particiona el disco de nuevo dividiéndolo para convivir con "ventanas", debido a un mal diseño de "ventanas" se pueden perder datos.
La culpa es de la fragmentacion del disco. Los que usan "ventanas" con el tiempo notan que pierden velocidad en su sistema y eso se debe a que "ventanas" escribe los datos desperdigandolos por todo el disco a trozos (a diferencia de Linux que los escribe de manera ordenada y consecutiva con la ventaja que esto representa).
Por eso al particionar el disco con Navigatrix si algun "trozo" de algún archivo se queda por el final del disco físico, lo perderás sin remedio. Es clave hacer una desfragmentacion del disco desde "ventanas" antes de instalar cualquier otro sistema operativo que deba convivir con "ventanas". Aun así los datos no están garantizados, por eso la recomendación de la copia de seguridad.

El tema de la descarga tampoco lo comprendo, ya que Navigatrix solo pesa algo menos de 1 GB. ¿Que es eso de los 30 GB?
¿que es eso de bajar el programa directo? Lo que tienes que descargar es la iso de Navigatrix y meterla en un pendrive o un CD. No termino de entender tus preguntas.

Respecto a Racemate puede que se incluya o no, todo depende del equipo de Navigatrix en si, y no solamente del cofrade Sailoog. Lo que si es seguro es que no se incluirá Navmonpc ya que es un programa para "ventanas" y por lo tanto no funciona en Navigatrix (GNU/Linux). Pero no te asustes, OpenCpn incluye funciones similares así que no se necesita nada mas.