Hola cofrade ,
Lo primero es que si tienes un selector de baterias no deberian estar conectadas en paralelo, para eso es el selector para trabajar con ellas
en forma independiente.
No es lo mejor usarlas en paralelo ya que si se te daña una esta te descargara a la otra.
La forma de conectarlas es , negativo de una bateria al negativo de al otra y de ahi al cargador o alternador.
Los positivos deben mantenerse separados e ir cada uno a los bornes de la llave selectora. El cable que trae la carga se conecta a la salida de la selectora de esa forma seleccionas que bateria cargar.
Puedes usar una para el motor y la otra para los servicios de manera fija o ir alternando , siempre cuidando una cargada para el arranque del motor
Espero haberte aclarado algo.
