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El litoral Andaluz es competencia de la Junta de andalucía, y las competencias en materia de puertos también. Para construir y explotar un puerto hay que pasar por la Junta de Andalucía. y Pagarle y documentarla y obtener permisos de esta.

Pero la Junta de Andalucía ha creado una red de puertos através de una Agencia pública (empresa pública), con el fin de ofrecer un servicio público al ciudadano y de esta forma evitar que toda la oferta de servicios portuarios (mercantil, pesquero y recreativo) no estuvieran en mano de entidades de caracter privado.
De esta explicación nace una clasificación
Gestión Directa y gestión indirecta

Los puertos de Gestión Directa, son los que están gestionados directamente por la Agencia Pública de Puertos de Andalucía. SE efectuan contratos de base, no se pueden comprar los atraques y hay lista de espera en casi todos los puertos.
Los puertos de Gestión indirecta, son aquellos puertos de caracter privado a los que la Junta de Andalucía ha autorizado la construcción por un lado, y la explotación por otro. Aqui los amarres pueden ser en alquiler, en concesión o en propiedad. La junta de Andalucía sólo aparece en estos puertos como entidad de Orden público con fines recaudatorios, IVA canon de concesión al puerto, tasa de señalización.
Hay una tercera modalidad Las autoridades Portuarias, que son puertos que pertenecen al estado y que por una serie de conveniencias no han sido traspasados a las comunidades Autónomas.
En Huelva está la autoridad portuaria de Huelva que gestiona el Real club Marítimo de Huelva, en proceso actual de ampliación y promoción de la nautica de recreo.
En cádiz hay dos autoridades portuarias
Autoridad portuaria de Cádiz y la autoridad portuaria de la bahía de Algeciras, cada una tiene dentro de su circulo de actuación a asociaciones y club nauticos.

Más o menos este es el sistema portuario Andaluz y diría que también es el modelo más generalizado dentro del territorio estatal.