Aun desconociendo el funcionamiento del splitter, creo que hay que tener en cuenta lo siguiente:
-AIS transceptor (Lo supongo de clase B), transmite cuando "le toca hacerlo".
Es decir, un transceptor AIS solamente transmite cuando tiene "su slot" o tiempo específico para enviar "su" paquete de datos.
-Si el SPLITTER es "inteligente", supongo no permitirá la transmisión por VHF cuando AIS lo está haciendo.
Normalmente manda la VHF, cuando se recibe/habla el AIS esta 
-También supongo, que por muy bueno que sea el splitter y los filtros que lleve incorporados, los espúrios de AIS (datos) y VHF (voz), serán suficientemente importantes como para que el sistema NO PERMITA ambas transmisiones simultáneamente.
Yesx, por eso debe saturarse los equipos y pasa lo que explica
¿Será eso lo que te está pasando?
Tal y como te aconseja algun cofrade, creo que la mejor opción es la segunda antena para AIS, y añado que mejor si está un poco separada de la del VHF.
NO , pasara lo miesmo pero en peor la emision de VHF dejara sordo el AIS......
Ambas a tope de palo creo que no es buena solución. Yo sacrificaría la de AIS a una cota mas baja, dejando la de VHF en la perilla.
saludos
COLAMBRE