Desde luego parece un poltergeist ... pero la primera parte para reparar una averia consiste en localizarla ... y en eso estamos.
Descartas la toma de agua, pues has puesto el impeler nuevo y el tubo de goma. tendrías que ver que pasa con el chorro de agua que sale del tubo de escape, pues podría ser que hubiera una obturación del circuito despues del tubo que has cambiado. - Primer punto a revisar.

Es normal que salte la alarma de motor al funcionar engranado, y no salte al funcionar en vacío; el motor engranado tiene la resistencia del agua en la helice y tiene que trabajar con "carga", si hay algo que le dificulta la refrigeración es normal que sea entonces cuando salte la alarma, y en vacio no salte. Es improbable que sea por el aceite del inversor, ademas, normalmente el inversor no lleva sensor ni de aceite ni de temperatura.

Tambien dices que has revisado el circuito de agua dulce y el termostato, por lo que esta parte tambien esta descartada.

Si ahora que has cambiado el impeler, la cosa ha mejorado un poco, es probable que el problema tenga relación con la presión de agua salada. Tiene que haber un punto donde el caudal se vea reducido ... quizas en el codo de escape, o en algun punto conflictivo ... Vuelvo al punto 1 mira el caudal que sacas a ver si aumenta con las revoluciones.

Lamento no poder ser de mayor ayuda, pero no se me ocurre nada más ... a ver si algun sabio cofrade se suma a resolver este problemilla, pero mientras, sigue investigando y nos tienes al corriente, así aprendemos todos.
No te cortes en preguntar a Solediesel, son muy amables, y llevan toda la vida haciendo los mismos motores; si hay algun punto debil de sus motores, los conocen de sobras, y seguro te ayudan, aunque sea telefonicamente.

Suerte !!!

Sergi