Como el tema de las titulaciones de recreo está transferido a las comunidades autónomas, cuando te examinas en una comunidad es cierto que no tiene nada que ver ni el Ministerio de Fomento ni la Marina Mercante.
Pero si te quieres examinar en las convocatorias de Madrid y Zaragoza, entonces dependen de la Dirección General de Marina Mercante, que es quien te expide el título y la tarjeta.
O sea, como que sí
