Ojito con lo de la bacteria.
Si quieres saber por que pregúntale al Bubito's (supongo que sabes quien es) que intentó limpiar la bacteria y se las ha visto negras para acabar con el problema.
lo que parece bastante claro es que es un problema de suministro de combustible. Yo tuve el mismo problema pero el barco era nuevo y lo que impedía el suministro de combustible era una filtración de aire en el circuito. Una vez hallado el problema se acabo inmediatamente. Pero....

Si de verdad el deposito esta sucio y tiene bastante porquería, al ponerle el bactericida soltará tanta suciedad que te podría inutilizar el deposito. Asegúrate antes de que lo puedes desmontar físicamente, sacarlo y limpiarlo con agua y jabón como si fuera un tupperware.......
Porque si no lo puedes hacer así de fácil.... sacarle la porquería va a ser un calvario de filtros sucios y bombeos constantes de gasóleo de un recipiente a otro.
En el caso del Bubito's no se podia desmontar y le estuvo fastidiando mas de un año, pero en tu caso puede que la opcion de sacar el deposito fuera del barco y limpiarlo "a mano" sea la mejor opción.
Suerte