Yo no creo que sea necesario quitar las velas.
Si la guardia civil no te pilla navegando a vela (vas a motor) no te puede multar por llevar velas en el barco pues puede que tengas un motivo similar al que ha comentado nuestro amigo (hacer un favor, o transportar un barco). Es como conducir llevando whisky en el asiento del copiloto, si no das positivo no te pueden multar (si llevas marihuana si porque la tenencia es ilegal y es un delito).
Teniendo PER puedes navegar al menos a motor y como comenté anteriormente un barco propulsado a motor es un barco a motor aunque sea un velero (si llevas las velas desplegadas pues también es motor si lo tienes funcionando pero por tu bien guardalás porque el benemerito no es probable que lo entienda o quiera entender).
