Hola,
Trataré de ayudarte...
1.- Haz un esquema en papel de como está todo conectado siguiendo los cables.
2.- Verifica que dispones de aislador de baterias para la carga desde alternador.(a varios alternadores)
3.-Que las 2 baterias sean del mismo tipo, y amperaje.
4.-Determina el uso de cada bateria y se estricto. P Ej. La I simpre para arrancar motor y las II para servicios(cuando estes fondeado usa siempre la de servicios).
5.-Verifica como esta conectado el cargador de baterias a este, y las aiisle completamente.(sino el conmutador no sirve de nada).
6.-Usa la posición both si el cableado ya las junta en alguna otra parte, o el circuito de carga desde el alternador sea el mismo (puede trabajar en los dos sentidos).Asi el motor te cargará las dos baterias. Con motor parado, off o bateria de servicios, conmuta a bateria de motor solo cuando necesites arrancar motor...
Demasido trabajo?¿?
6.-