[Kane]

Ignius, ya no somos vecinos de pantalán, de hecho estamos por Ibiza ahora. De todas formas creo que te puedo ser útil.
Como yo lo veo: el negativo de ambos bancos pasa por el shunt del Nasa, según has dicho.
Lo que te ha pasado sólo puede ser debido a un cortocircuito franco del positivo a masa.
Dices que el motor llevaba un rato a ralentí. Atención, pregunta: Oiste un ruido raro, como un silbido de turbina? Puede ser que se quedó el bendix del arranque engranado, con lo que el inducido del motor saltó hecho trizas y provocando el corto de su cable de alimentación (directo de positivo) a masa del motor y a negativo de baterías a través del shunt.
No veo otra posibilidad, ni siquiera una herramienta olvidada que se hubiera fundido (al menos parcialmente) antes que los cables.
Suerte.