Hola Bigblue,
Parece que suena a falso contacto en elgún lugar del cableado. Lo del alternador creo que lo puedes verificar con un polímetro y así sales de dudas (es malo tener dudas sobre la carga de la bateria).
No creo que pase nada porque no sepas las RPM siempre que no apures, seguro que tienes más que pillado el sonido de tu barco en un rango adecuado de revoluciones. Pero en todo caso a mi no me gusta que vayan fallando cosas. Si te pilla en medio de una travesia, pues la terminas sin más, pero luego es preferible mirar que pasa lo calizar algún cable que esté sulfatado o a punto de desconectarse, y arreglarlo (además lo mismo al hacerlo encuentras que hay otras conexiones que no han dado sintomas pero que tampoco están en el mejor de los estados).

