Muy buenas...has probado el metodo ensayo error?quiero decir,solo te parece que el motor vaya a 3 cilindros o realmente hay un cilindro que no va?Eso puedes saberlo desconectando uno a uno los inyectores y mirando si cambia el comportamiento del motor,,,,de todas maneras a mi me parece que lo que le pasa a tu motor,es que tienes alguna fuga o entrada de aire,seguramente por el retorno del motor,y hace que la bomba inyectora no envie la presion adecuada a los inyectores,por es te humea,porque los inyectores no pulverizan bien,y al acelerarlo,subes la presion de inyeccion y te elimina la posible burbuja de aire que te hizo al estar parado el motor.
Yo revisaria todas las conducciones de gasoil y la bomba para ver si se cesceba,

,ya nos contaras que tal ha ido.