Yo sigo con la misma opinión, las baterías no se deben poner en paralelo.
Y dicha semejante sentencia , pregunto: ¿El separador (que solían ser diodos, los cuales producen una pequeña perdida por caída de tensión y por tanto de potencia, aunque ahora anuncian otros que dicen no producen perdidas, no se como son) esta en el circuito de carga o en el de utilización?.
¿Podrías aportar un esquema?.
Si tuvieras un repartidor a la salida del alternador, este se encargaría de cargar las dos baterías y deberían estar aisladas una de la otra.
Si tienes un regulador de carga (¿inteligente?) que gestiona la carga, valga la redundancia, de dos baterías, también las debería mantener aisladas, y si es para una sola batería, y es de los sofisticados (habría que aclarar todos los parámetros que controla), deberían cargarse primero una, después otra, y así alternando con un conmutador manual.
En cuanto al circuito de utilización, deberían de estar las baterías separadas, ya que la que sirve para el arranque debería tener diferentes características que la de servicio. Y si queremos utilizar la de servicio para arranque por si un apuro, deberíamos instalar un conmutador para cambiar de circuitos.
Esto último de las luces, es muy raro. Supongo no habrás puesto en serie las baterías, cosa harto peligrosa.
Para comprender lo que te pasa hace falta más información.
En cuanto sepa como poner una imagen te pongo un esquema.
Una ronda por mi cuenta