Pues si, parece que uno de los canales del separador se ha cortocircuitado.
Yo no pondría el conmutador en la posición de las dos en paralelo.
Yo pondría un conmutador de dos circuitos tres posiciones (pos1 B1(batería de arranque) a Circuito arranque motor y B2(batería de servicio) a circuito servicio, pos 2 off, pos3 B2 a circuito arranque motor B1 a circuito servicio) y la posición 3 no la utilizaría si no fuese necesaria. Pero no se como ponerte el esquema y tampoco encuentro esta solución comercialmente.
En la WEB, maravilla de las maravillas (no siempre), viene mucha información al respecto, yo te pongo una dirección que me parece muy didáctica (habrán otras muchas), a ver si te funciona http://www.fondear.org/infonautic/Equipo_y_Usos/Electricidad_Energia/SeparadoresCarga/SeparadoresCargar.htm
Si te lees la parte de separadores de carga, veras lo que te decía de las perdidas de potencia en los diodos (aunque hoy día los diodos schotty presentan menos perdidas por caída de tensión), y como existen otros dispositivos que solo tienen perdidas de 0,2V.
De todas formas, estos separadores ¿gestionan la carga de las baterías?, este otro parece que es muy bueno y si resuelve el problema. http://www.enervolt.net/PDF/pdfnaval/Bater%EDas/Separadores%20carga.pdf
Esta pagina también puede interesar. http://www.todobaterias.com/Subfamilias.php?IdFamilia=15
Salud