Kivuca, así de pronto, sólo se me ocurren dificultades. Vayamos por parte, como dijo el forense:
1.- Cuando hablas de "dada la actividad de la empresa", eso puede significar cualquier cosa. Y cualquier cosa es que las respuestas que te demos no valgan para nada. Si la actividad de la empresa es el alquiler de barcos, evidentemente sí. Si la actividad es fabricación de ladrillos, pues como que no.
Por tanto, mejor que digas a que se dedica la empresa para opinar.
2.- El tamaño no importa.

3.- Lo de la lista, depende de a qué se dedica el barco. Si lo tienes para explotarlo económicamente es la 6ª lista; si no, la 7ª.
4.- El IVA, pues depende: si es nuevo lleva IVA sí o sí. Si es de segunda mano, depende (si te lo transmite un particular no, si te lo vende una empresa sí).
5.- Lo de los gastos de mantenimiento del barco, depende, como te comenté al principio, de la actividad de la empresa. El Impuesto de Sociedades permite deducirse aquellos gastos necesarios para la obtención de los ingresos; y sólo esos. El caso es igual que cualquier vehículo.