[LSV]

Lo que tienes que hacer es guardar una copia del video rotado y con VLC no le veo la manera.
Lo que necesitas es un editor de video.
En Windows viene Wndows Movie Maker o Windows Live Movie Maker.
Búscalo en el ordenador o lo bajas.
Luego una vez abierto le sueltas encima el video, seleccionas el trozo a rotar y le das a la opción de arriba rotar a derecha o izquierda.
Luego lo salvas con otro nombre para no machacar el original y ya está.
Ojo: si el video es formato FLV no lo reconoce.
LSV.