Yo soy de los que opinan que aún en barcos que no tienen chasis metálico es más seguro desconectar el negativo. Me explico.
Al desconectador hay que llevarle dos cables. Si son positivos hay más riesgo de provocar un cortocircuito por contacto con un elemento puesto a negativo (bloque motor, elementos puestos a "masa" , o sea, negativo), o aunque sólo sea una fuga, no un corto, peligrosa para la integridad de nuestras partes sumergidas (electrolisis)

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Luego depende de dónde se coloca el desconectador. Si está justo al lado del positivo de la batería lo tenemos claro. En otro caso habría que sopesar.
Por cierto, no pienso caer en la trampa del sentido de circulación de la corriente. Ya soy mayor...
Edito... Me gustaría que alguien me explicara qué es "da chispazo"
