Yo no me plantearía qué bandera es más económica, sino cuál me conviene mas. Es decir, aparte de mirar cómo registrarse en un país X, cosa que puedes hacer tu msimo ahorrandote un pastón, miraría si hay que renobar certificados, cada cuánto, si hace falta alguna licencia, si se paga un impuesto de "circulación", cuánto valen los seguros dependiendo de la bandera, equipamiento, etc. Aunque puede que el término "más económico" al fin y al cabo englobe todo esto, no muchos lo tienen en cuenta.
En cuanto a gestorías, aquí en españa te tramitan la baja española, luego ya te apañas tú con la nueva bandera. Volvemos a lo mismo, es solo un trámite dar de baja la bandera, pero en muchas capitanías ya no te dejan darte de baja "por exportación" porque se nos vé el plumero, como le pasó a un cofrade por el sur.

Iván