Siento mucho la pérdida de baterías, tal y como están de precio no es broma. Yo también intentaría recuperarlas, pero es muy importante que trates de averiguar el por qué se han descargado, para que no te pase lo mismo.
Por lo que cuentas, si tenías todo apagado, e imagino que dos circuitos distintos (motor y servicios), sólo se me ocurren dos respuestas: Una ya te la han dado: El cargador, que en lugar de cargar, descarga. Otra posibilidad (me pasó el año pasado a mí), es que tengas instalado un mecanismo electrónico, una especie de disyuntor, que discrimina cuando la batería del motor no tiene suficiente carga, conectando ambos circuitos y cargándola a partir de las de servicio (nunca al revés).
Lo que a mí me pasó fue que se rompió la batería de motor, y el sistema por sí sólo metía carga de las de servicio tratanto de cargar la de motor, hasta que se descargaron todas.
Solución: Tuve que reponer la de motor (más pequeña y barata), y conseguí recuperar las de servicio.
Suerte, y mientras tanto unas

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