Bueno Yoyete, vamos por partes....

Para gestionar los iconos de acceso has de instalar la herramienta alacarte.

sudo apt-get install alacarte

No me explico por que no viene por defecto, creo que los de Mint se olvidaron de este detalle.
Una vez instalada tendrás en los programas un icono llamado "Main menu". Desde el puedes gestionar los iconos de accesos directos. Puedes crearlos, modificarlos, hacerlos visibles o invisibles Etc. En el caso de OpenCpn no creo que no te lo haya creado el instalador. Lo mas probable es que te lo haya metido en el grupo "ciencia" o "educacion" y que ese grupo este desactivado (no visible).
Seguro que conocerás esta herramienta pues suele venir con casi todas las distribuciones de Ubuntu.

Tu segundo "problema" no lo es tal.
Simplemente los archivos punto "." es decir, todos los que comienzan con un punto, son los archivos ocultos.
Para verlos solo tienes que ir al menú "ver" del explorador de archivos (nautilus) y activar "mostrar los archivos ocultos". También sirve pulsar las teclas ctrl+h para activar-desactivar la vista de archivos ocultos.

Otro pequeño truco que te puede servir es que pulsando alt+F2 te sale una casilla donde puedes arrancar programas invocando su nombre (como por el terminal pero sin necesidad de abrir el terminal). Si sabes el nombre del programa es rápido (a veces mas rápido incluso que buscar su icono en los programas), y si tienes delante alguna persona.... le daras la impresion de que eres un autentico profesional de la informática.

Espero que te sirva.