Yo comentaba lo de la resina epoxy porque es más "líquida" que la masilla y seguro se maneja con una jeringuilla.
En efecto como dice Astrolabio no "rechupa" la resina epoxy

, pero si los agujeros están en vertical, quería referirme a que será dificil dejar la mezcla de resina espesada a ras de la boca del agujero
Y sí hay jeringuillas con punta gorda (ojo, no la aguja, sólo la jeringuilla. Pídela en las farmacias, son las que se usan para aplicar por sonda alimentos médicos pastosos y cuestan unos 2€). Son más grandes que la que pones en tu foto.
Y por supuesto que también lo puedes hacer con la masilla de poliester como mencionaban, empujándo con un palito por ejemplo de los de los oidos, hacia dentro del agujero hasta que se llene. Luego alisar y lijada final con lija fina grano 240.
Saludos.