Tal como lo comentas creo que se ha confundido el permiso de navegación ( que ahora tiene caducidad para todos los barcos independientemente de su eslora) y el certificado de navegabilidad.
Probablemente no hay tenido certificado de navegabilidad ( al menos en su formato moderno) nunca. La libreta verde ya no sirve.
Si es así deberás pasar una inspección extraordinaria del barco por una empresa certificadora y con esos documentos pedir el certificado de navegabilidad para la zona que el inspector te "adjudique".
El coste de la inspección andará entre 150 y 250 €.
Yo he tenido prácticamente el mismo problema en mi última compra y ese ha sido el resultado.
Suerte y tómatelo con calma que estas cosas van lentas
