Gracias a todos por vuestras respuestas.
Pues efectivamente parecen bacterias. Lo curioso del caso es que no llegaran ni al prefiltro. Como son más densas que el gas-oil deben de quedarse en bolas en el fondo del depósito y debió de tragar una que atascó la tubería.
Además de la limpieza del depósito, que la haré cuando pueda y del bactericida, le voy a poner en la salida del depósito el filtro de la foto, que además tiene la ventaja de poder observar el combustible lo que siempre da tranquilidad.
Nunca se acaba de aprender