Estimados amigos: Bienvenidos.
En la cuestión de extranjería en España no suele ir la Guardia Civil ni la Policia Nacional por las Marinas a comprobar la documentación de los navegantes, suelen estar ocupadas las Brigadas de Extranjería en otros lugares y con otros objetivos.
En principio y dado que habeis entrado por Portugal sin que conste sello de entrada en vuestro pasaporte según dices de España el plazo de 90 dias contara para España en el momento en que se pueda acreditar por la autoridad española cuándo habeis entrado.
Existe en nuestra legislación de extranjeria una infracción que es la de permanecer más de 90 días en España (no en territorio Schengen) sin la debida autorización de residencia; la sanción, después de un procedimiento que puede llevar varios meses, puede ser la de expulsión del territorio nacional y prohibición de entrada en territorio Schengen por un período de hasta (creo recordar) 10 años.
Pero, repito, la persecución al extranjero no suele abarcar a las tripulaciones de barcos de recreo que no pretendan establecer la residencia en España, sino más bien va destinada a otro tipo de extranjero.
En el resto de Europa no se exactamente como funcionan, pero me imagino que los criterios serán más o menos parecidos: se persigue al inmigrante económico (al pobre) no al que viaja con su barco.
Espero haberte servido de ayuda.