Si que son diferentes.

Para empezar, las cartas no son exactamente las mismas. Por si acaso yo conservo las dos versiones. Mediterranean tiene datos que no figuran en las nuevas y Europa lo mismo. Así que yo mantengo ambas aplicaciones para consultar los dos mapas.

Pero principalmente uso la Europe 2.5. Y tiene mas funciones a la vez de ser mas intuitiva de usar.

En los foros de htcmania, si haces una busqueda por "navionics europe" veras que se habla un poco de la aplicación. Hay "cosas" interesantes.