El agua que vierte es la que queda en el tubo de desagüe justo antes del macho de fondo.
Yo diría que es completamente normal, es imposible vaciar del todo el tubo, y el agua que queda pasa por la válvula pico pato y por la válvula bajo bomba (la E600083 y la E600084 del catálogo de Acastillaje & Dif o las de código 518 y 517 del siguiente esquema
http://tiendanautica.lamarencalma.co...9-bomba-manual [ir a vista detallada])
La solución más lógica es bombear suficiente agua para la que quede dentro del tubo de desagüe sea agua límpia.
Espero haberte ayudado.
Saludos.
Lo dicho es para wc sin tanque o depósito, para wc que vierten directamente, no sé si es tu caso.