Bos días
Los ayuntamientos no tienen ninguna competencia sobre aguas marinas ni incluso, terrenos portuarios

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Para construir algo en un terreno de un puerto, NO necesitas licencia municipal, solamente concesión de la Autoridad Portuaria
Y para fondear, permiso de la Autoridad Portuaria (si es dentro de un puerto) o de la Capitanía Marítima correspondiente.
Saúdos