Hola Nepomuceno, entiendo que ya tienes corriendo en tu PDA algún programa para coche tipo TomTom, así que imagino tendrás resueltas las cuestiones hardware de GPS y quieres meter un programa que te permita utilizar cartografía náutica.
Como ya hemos comentado, (revisa también el post de biziberri), tienes varias posibilidades, por ejemplo:
OziExplorerCE:
http://www.oziexplorer.com/
NavPak Pocket Edition:
http://www.globenav.com/
WinGPS 4 Mobile Navigator/Lite:
http://www.stentec.com/
Seguramente haya otras, yo lo miré hace un par de años y finalmente me quedé con OziExplorer que es para mí la opción más flexible en cuanto a cartas, creo que también la más barata, si no me equivoco anda por los 69€ la versión para PC y 22€ la de PPC, aunque imagino que seguirá habiendo opciones más 'baratas' si buscas un poco por la red.
Creo que casi todos los programas tienen una versión freeware o shareware (con limitaciones) para que puedas probar, tendrás que dedicarle algo de tiempo.
Si necesitas algo más ya dirás.
Saludos.