Fextivo , como en tantos hilos, se empieza hablando de añadir una segunda bateria y se termina analizando el sistema entero. La avería que comentas no es normal y solo obedecería a un problema de conexiones o de mala manipulación. Si conectas solo la de servicios, no estabas dejando al alternador sin batería ?, sin mas datos, es difícil saber que pasó pero da igual una batería que otra, siempre que estuvieran bien conectados.
Hay demasiadas variantes para dar solo una contestación, que el regulador del alternador vaya incorporado o separado ( cada vez menos habitual ), el esquema de conexión, etc.... lo que comentas del voltaje, da la impresión que en un momento el regulador no regulaba por algún motivo, pero porque......

salvo que llevaras por ejemplo un alternador valeo, que necesita corriente de contacto de batería y le hubieras quitado esa señal con tus pruebas, y lo lógico es que dejara de cargar no de regular.......pero solo son teorías.
