Hola Xoan66:
El IVA no es un impuesto que se pague una sola vez.
Generalizando: cada vez que se transmite una embarcación hay que pagar el ITP o el IVA, según venda un particular (ITP) o un profesional o empresa (IVA).
Cuando tu compras, si te vende un profesional o empresa te hace la correspondiente factura y se paga IVA, si te vende un particular se hace un contrato de compraventa y se paga ITP.
El Impuesto de Matriculación solo se paga una vez.
Cada Comunidad Autónoma establece el porcentaje que le parece, tanto para el ITP como para el Imp. de Matriculación y además lo cambian cuando menos te lo esperas, de modo que es fácil que en un foro informen mal.
Andalucía 8% de ITP y 13,90% de I. Matriculación.
Saludos.