Bueno, yo acabo de renovar mi titulo náutico (PER) y lo único que he necesitado a nivel médico es un certificado que te puede hacer tu propio medico de cabecera.
En su día cuando me saque el titulo fué lo mismo, por lo tanto dudo de que tu médico te imponga pruebas del tipo que se hacen para sacarse el carnet de conducir. Incluso en este último caso pasé la prueba médica siendo daltónico, que sepa yo no es determinante para pasar el examen médico.
En mi caso confundo el rojo con el verde cuando están juntos, por suerte cuando están separados puedo identificarlos aunque con alguna dificultad, eso me provoca alguna confusión de noche con las luces de navegación y los faros de los puertos
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En tu caso que confundes todos los colores podrías tener problemas con el codigo internacional de banderas, aunque independientemente de los colores podrías aprenderte los diseños que creo son todos diferentes.
Saludos