A mi me paso con el primer polar que elaboré. Me daba el mismo mensaje y al entrar a rutas, todo el trayecto era a motor. El error lo tenia en la coma para decimales en vez del punto. Hice una prueba preliminar dejandolo todo a enteros y funciono sin tocar nada mas. A continuacion cambie desde Excel la coma por el punto y solucionado.
Cuando cambias el fichero de polares, el programa crea un fichero de trabajo a partir del csv. Asegurate de que lo cree una vez realizado el cambio. Puedes asegurarte la jugada cambiando el nombre al fichero csv.