No soy ningún experto en estas cosas, pero me atrevo a dar mi opinión...
La batería de arranque no está monitorizada por el BM-1, como mucho se puede monitorizar el voltaje (solo en los modelos de NASA más actuales, mediante el cable color naranja), por lo que el cambio de la batería de arranque no debería afectar a las mediciones del BM-1.
¿Tu cargador es de 1 ó 2 salidas? Si es el de 2 salidas, entiendo que meterá carga a las batería que lo necesiten.
Y respecto al negativo en común, yo lo tengo así. El BM-1 toma las lecturas a través del shunt, pero el cofrade Tama me está haciendo dudar


, en el manual en castellano que os pongo más abajo parece que está claro, negativo en común, pero lo las baterías monitorizadas pasan el negativo por el shunt ¿es correcto?
Yo también me he encontrado con el mismo problema, en
este hilo contaba mi problema, por si te sirve de algo...
Aquí podeis ver un manual en castellano.
A ver que opinan los entendidos.

