Aleix, este aparato es una maravilla. Yo lo tengo y lo uso por años. No obstante el medidor de porcentaje de carga de este (y de cualquier otro medidor de porcentaje de carga de baterias) es una tontería.

Dices que el voltaje es correcto, pero no nos das pistas de lo mas importante.
¿Como se comporta en las intensidades de carga-descarga?

Por ejemplo.... en mi caso... baterías a tope. ¿Como lo se? porque el cargador entra en floating. Es decir solo mete 0,1-0,2 A de carga. Salgo a navegar tres horas por la bahía. Con todo a tope vuelvo con unos -8 A.
Conecto toma de puerto y el cargador empieza a meter unos 7-8 A. Poco a poco va bajando y por la tarde tras meter en total unos 9 A ya esta metiendo a un ritmo de 0,4-0,3. Vamos, casi cargadas.

Si en tu caso ya no mete mas carga ya sabes que estas al 100%. Puede que ese 100% no sea el mismo que antes. Pero si sera el 100% disponible. Si es mucho menos de lo que esperas plantéate que alguna de las baterías este dañada. Míralo y recurre a la garantía si son bastante nuevas. Compruébalas de una en una (voltajes, intensidades de carga etc.).

Por lo demás lo de los porcentajes de carga es una tontería meramente decorativa. La mejor manera de saber el estado de una batería es viendo su comportamiento de carga-descarga.