Lo siento pero no controlo mucho de windows. Podria ser alguna entrada corrupta en el registro o unos archivos de configuración corruptos. Deberías eliminar los archivos de configuración y probar. En Linux están en el home de tu usuario. En win la verdad no lo se, pero busca por ahí alguna carpeta llamada opencpn y bórrala. Perderás todos los ajustes pero tal vez puedas volver a instalarlo.

Si es problema del registro.....