Con un convertidor usb-serie.

http://www.superinventos.com/S180122.htm

Te generará un puerto de comunicaciones nuevo. Supongamos que el gps este en el puerto /dev/ttyUSB_0. Lo pones como puerto de entrada de datos GPS.

El convertidor podría ser por ejemplo /dev/ttyUSB_1. Lo pones como puerto de salida del piloto.
En el conector del convertidor enchufas los dos cables NMEA que van al piloto y Ya lo tienes.

Hay por la red esquemas para saber a donde se conectan los dos cables del piloto. Ahora mismo no los tengo pero seguro que algún cofrade los proporciona.

Bueno.. ahí va uno:

http://www.informaticaabordo.com/wp-...ads/SERIAL.jpg

En este caso la linea A es la de salida al piloto. La B seria la entrada del gps si entrara por el mismo puerto, cosa que ya no suele suceder pues suelen ser dispositivos independientes.