Efecivamente existe este problema entre Portugal y España, y me paso lo mismo. Me encontre con la incomprension verbal de la Aduana, pues no consegui una respuesta por escrito y que a los portugueses le era imprescindible. Efectivamente la venta de una embarcación de España a Portugal no es una exportación que es una adquisición intracomunitaria y de mas bla bla bla. Los potuguese me la seguian pidiendo y al final tire la toalla y en una asesoria nautica de Vigo, me lo consiguieron y a los portugueses le fue valido.
Suerte, si lo consigues ya contaras, yo

saludos