Este problema ¿lo has tenido siempre o solo desde que hiciste el último cambio de baterías u otra cosa?.
Si es desde siempre puede ser mala configuración o instalación de algo.
Si es desde un cambio.. revisa lo cambiado.
En mi barco aún no sé cómo está conectado el sistema y también me hace alguna cosa rara: tengo 3 baterías y marca el 100% pero cuando pongo el desconectador en 2 baterías me marca un 66% que correspondería a esas 2 y a mí me gustaría que que marcara el porcentaje de esas 2 o en su caso de 1 y no siempre el de las 3.
A ver si a tí te está marcando solo el porcentaje con 2 y por eso marca menos.
Comprueba a ver que pasa cuando pones 1 sola o 2.
