Lo del diodo no depende del opencpn ni de Ubuntu. El gps es totalmente autónomo. Si le metes corriente el mismo se posiciona y el ordenador solo se limita a leer los datos vomitados por el gps. Por tanto lo del diodo fijo es porque aún no tiene posición tomada, dale tiempo.

En cuanto a opencpn debes ir al menú de configuración, escoger nueva conexión de red tipo gpsd dirección localhost y puerto 2947.

Y ya debe ir.

Respecto a lo de las versiones de Ubuntu un matiz. LtS no es versión estable sino versión con soporte a largo plazo (Long term support) de hasta 5 años. 12.10 es estable y muy pronto saldrá 13.04 como estable (yo la estoy usando como beta y va muy bien). Están tendrán soporte hasta 2 años. Y muy pronto seran rolling release lo que quiere decir que se irán actualizando con continuidad.

Por cierto que yo recomiendo sustituir Unity por gnome-shell y el centro de software ubuntu por gdebi se gana mucha velocidad.
Personalmente he desarrollado una especie de distribución basada en 12.10 que ya incluye opencpn zygrib polarcom qtvlm y un puñado de otras aplicaciones náuticas mas. Lo mismo me desmeleno y un dia de estos la comparto.....