Pues no creas Gambucero, a mi mismamente me pasaba lo mismico.

Y es que el SIRFIII siempre preferirá trabajar en modo binario pues su estado "natural".

El caso es que al parecer gpsd pregunta al gps en que idioma habla y cuando duda lo pasa a binario. Pero a veces puede que sea al revés y te lo ponga NMEA.

Puedes comprobarlo con gpsmon. Lo inicias y pruebas a conectar y desconectar el gps del conector usb. En mi caso casi siempre lo toma en Binary pero ocasionalmente lo vuelve NMEA.

Por eso le recomiendo a Tropelio que use directamente gpsd y así, este en el modo que esté funcionará siempre. Al mismo tiempo estará disponible para otros programas como xgps. A diferencia de leer directamente del puerto USB que individualiza el uso exclusivo del puerto.

Por cierto Tropelio, puede que este manual de gpsctl te sea útil:

http://manpages.ubuntu.com/manpages/.../gpsctl.1.html