La marca CE solo es exigible a los barcos construidos después de 1998.
http://www.fomento.gob.es/MFOM/LANG_...os/Marcado_CE/
No creo que te puedan exigir un certificado de conformidad para un barco de bandera Europea construido en 1986.
Un detalle importante es saber si el barco es de serie o es un barco a medida, ya en todo caso te podrían exigir un Cálculo de escantillonado, para saber cual es la categoría de diseño del mismo.
Lo dicho, a mi me suena muy raro que te lo exijan, de todas formas pregunta en Capitania Marítima.