[Valento]

todo un misterio lo de tus baterias, pero vamos a ver.....

Tu nevera funciona a 220 y 12V? En caso de que si, es seguramente se alimenta por prioridad de alterna, y en caso de fallar con continua.

12 voltios

Podria ser que la nevera estuviera conectada directamente a bateria o alguna regleta con tension sin pasar por el desconectador?

no, si desconecto el interruptor del cuadro electrico la nevera se apaga, si desconecto la llave de la bateria de servicio la nevera se apaga,

Lo extraño es que se descarguen las dos baterias si no estan conectadas entre si, ya que es casi imposible que un cargador desconectado te vacie las baterias!
pues eso es lo que sospecho, ya que fisicamente es lo unico que une a las dos baterias, aparte de la masa, pero tambien tiene montado desconectador en la masa
Como tienes puesto el aislador respecto al alternador/cargador/baterias ?
al repartidor llega un cable del alternador y salen dos, uno para cada bateria

Y tu cargador, una o dos salidas?
dos salidas, directas a las bornas

saludos