Has dado tu mismo con el problema: un exceso de aceite en el carter. Si debia de tener 3 y has sacado 5 (más el que has quemado y el que todavía pueda quedar sino se saca por el tornillo inferior) calculo que tendrias casi 6. Me imagino que dejará de hacer humo después de quemar el que le quede todavía en exceso después de unas horas de funcionamiento. Si este exceso ha pasado después de un error de rellenado no creo que llegue a más, pero si ha funcionado así muchas horas, puede haber formado depositos de carbonilla en varios lugares no deseados como en los asientos de válvulas.
Y has estado de suerte que no te pasara esto (algunos cofrades más experimentados han relatado esta experiencia)
Video coche quemando aceite en vez de gasoil